V úprave vody je chlórdioxid známy ako najúčinnejší oxidačný prostriedok, ktorý je okrem iného využívaný k boju proti Legionelle. Chlórdioxid sa vyznačuje svojím vysokým dezinfekčným účinkom. Sám pri vyššej hodnote pH, kde je znižuje účinok chlorácie, vykazuje chlórdioxid stále účinnosť. Prah účinku je u chlórdioxidu vyššia ako u chlóru a týmto je u neho dlhšia doba životnosti v potrubnom vedení. Chlórdioxid je týmto pre široko rozvetvené potrubné inštalácie vhodnejším.